Tiene sus orígenes desde la expansión mexica dirigida por Axayacatl en 1475, cuando la región se convierte en tributaria del imperio Teochca. En ese tiempo Cuetzalan es el centro de recolección de tributos, siendo las plumas de cuezal lo más cotizado por los mexicas.
Esta región fue muy importante también para los Aztecas, ya que durante el siglo XVI se abastecían de maíz en épocas de hambruna.
Cuando el emperador mexica Moctezuma envió a un principal llamado Calpixque (que significa guardián) a Cuezalla para que fuera gobernador, sus habitantes quedaron sujetos al imperio mexica y debían rendirle tributo, el cual consistía, entre otras cosas, en una esmeralda anual que ellos conocían como chalchihuitl, además de mantas y plumas preciosas.
Durante la época de la Colonia, el primer fraile franciscano que llegó a Cuetzalan fue fray Juan (de Ayora o de Ribas) y durante el siglo XVI Cuetzalan estuvo sujeto a la diócesis del arzobispado de México.
Después de darle el reconocimiento de Pueblo Indígena en 1555, por orden del virrey don Antonio de Mendoza, comenzó entonces la evangelización de la región y se le bautizó como San Francisco Qüetzalan, lo que dio inicio a una importante actividad socioeconómica del lugar.
En 1568 se fundó la parroquia de San Pedro Zacapoaxtla a la que pertenecía Cuetzalan. En 1575 con la promulgación de la Ordenanza de Patronazgo, los curatos sencillos se cambiaron a beneficios, con estipendio de la corona.
1601, Cuetzalan dejó de depender de San Pedro Zacapoaxtla para erigirse como parroquia, por edicto de Don diego Romano, Obispo de Tlaxcala.
Es para 1790 que se construye una nueva iglesia que ya ostentaba los signos del obispado, misma que se incendió en 1808.
El 30 de marzo de 1826, el territorio del Estado de Puebla se dividió en siete Departamentos y éstos a su vez en veinticinco partidos. Uno de los Departamentos estaba formado por los partidos de San Juan de los Llanos, Teziutlán y Zacapoaxtla; en ese entonces Cuetzalan pertenecía al Corregimiento de Tlatlauqui.
Años más tarde, el 27 de mayo de 1837, por decreto de la Excelentísima Junta Departamental, Puebla cambia de nominación de estado a Departamento, por lo que se dividió territorialmente en 7 Distritos, éstos en 21 partidos y a su vez en 163 municipalidades. El vigésimo partido era el de Zacapoaxtla y a él pertenecían Qüetzalan, Xochitlán y Zacapoaxtla; éstos con categorías de pueblo cambiaron su sistema de gobierno, por lo que un alcalde municipal y no un gobernador indio era el que gobernaba.
Luego durante la intervención francesa y la instauración del segundo imperio, hombres cuetzaltecos tiuvieron una destacada participación; en la batalla del 5 de mayo de 1862 en Puebla asisten once cuetzaltecos como miembros del Sexto Batallón Guardia Nacional de Puebla o de Zacapoaxtla.
Ya con la promulgación de las leyes de reforma, se empiezan a efectuar adjudicaciones de tierras, lo que provocó la llegada de personas de otros lugares que se afincaron en este lugar, desplazando a los indígenas de las tierras que les habían pertenecido ancestralmente, naturalmente este proceso no se dio de forma pacífica, sin embargo se empieza a notar un nuevo orden, más abierto a las pautas que marcaban la integración al progreso de esa época.
En 1870 se introduce el café en la región, procedente de Córdoba, Veracruz. Para incentivar la producción de éste grano, el gobierno liberó de impuestos a quienes contribuyeran a su desarrollo, logrando que se afincaran empresas comercializadoras del grano. Todas las facilidades otorgadas rindieron frutos pues durante décadas fue el cultivo del café en quien descansó la economía de la región.
En 1875 a Cuetzalan se le concede la categoría de Villa, según decreto del Gobernador Ignacio Romero Vargas. Para 1903 se modificó el nombre de la municipalidad por el de Cuetzalan del Progreso. Dos años después se inauguró el kiosco que se encuentra en el zócalo municipal y que entonces se llamaba "Parque Libertad".
En 1921 se reformó la Ley Orgánica Municipal y se consigna a Cuetzalan del Progreso como municipio del Estado.
Durante la época revolucionaria, al quitar a Porfirio Díaz del poder, Cuetzalan nombró un nuevo ayuntamiento que duró pocos días, pues estando ya en el municipio las fuerzas armadas, lo hicieron a un lado tomando posesión del puesto de presidente, el comandante de las fuerzas revolucionarias Miguel Vega Bernal. Siguieron dándose constantes cambios de autoridad entre los años 1912 y 1913.
En 1914 dentro de un ambiente de calma aparente, en el mes de octubre se toma la decisión de incinerar los confesionarios bajo la orden de D. Pineda bajo el lema de "Constitución y Reforma".
Una año después se presentaron varios acciones por las fuerzas constitucionales que derivaban en atropellos en contra de la población, pues se veía despojada de sus pertenencias.
Después de Vega Bernal, las fuerzas villistas comandadas por Sergio Vega continuaron con las injusticias y sembrando el terror en los ciudadanos, en oposición se organizó la defensa en contra de éstos, gracias al apoyo que recibieron de los carrancistas, representados por Gabriel Barrios.
El periodo del movimiento revolucionario lo señalan de desorden y miedo, debido a la falta de fuerzas estatales y federales que resguardaran el orden.
Fue hasta julio de 1921 que la normalidad llego poco a poco, los vecinos recuperaban la tranquilidad y se reorganizaban para emprender acciones que eran emergentes, sobre todo la regularización de la instrucción pública, también eran los caminos que se encontraban en pésimas condiciones lo que costó mucho trabajo y resultó imposible realizar obras en bien del municipio durante algún tiempo.
En 1986 se eleva a ciudad y se declara como una ciudad típica y monumental.
En el 2002 Cuetzalan del Progreso se integra al programa "Pueblos Mágicos".
Fuentes:
www.cuetzalan.gob.mx
www.visitmexico.com
www.mexicodesconocido.com.mx
videos.rinconesdemitierra.com