El clima en el municipio de Cuatro Ciénegas es de subtipos secos semicálidos; la temperatura media anual es de 18 a 22°C.
Las lluvias se presentan en los meses de mayo, junio, julio, noviembre, diciembre y enero mientras que la frecuencia de heladas es de 20 a 40 días y granizadas de uno a dos días.
El clima de la región desértica es muy árido; las temperaturas ambientales varían entre 0 grados C en el invierno a más de 44 grados C en el verano.
Flora y fauna
Cuatro ciénegas es considerado una reserva ecológica debido a que allí existe flora y fauna únicas, endémicas como cactus, nifies, el pez ciego, la tortuga bisagra y la tortuga de concha blanda de color blanco.
Además habitan en el lugar candelilla, guayule, lechuguilla, gobernadora y palma; en la parte alta de las sierras abundan especies de árboles maderables.
Entre las especies animales destacan los venados, oso, coyote, gato montés, zorra, tlacuache, liebre, conejo, jabalí, comadreja, tejón, reptiles y arácnidos.